С этого розыгрыша кубка России изменилась формула турнира. На первом этапе принимают участие клубы высшей и первой лиг чемпионата России. Команды разбиваются на группы и победители однокруговых турниров выходят в 1/8 финала, где включаются в борьбу представители Суперлиги. В стадии плей-офф соперники проводили по матчу дома и на выезде, по результатам которых подсчитывались очки без учёта забитых мячей. При равенстве очков назначалось дополнительное время, если и оно не выявляло победителя, то пробивалась серия пенальти.

В статье не хватает ссылок на источники (см. также рекомендации по поиску).

Первый этап

8-10 сентября 2006 года

Группа 1

г. Иркутск

#	Клуб		1	2	3	4		И	В	Н	П	М	+/-	Очки
1	Звезда-Истлэнд (Иркутск)		~	:	:	:
	Факел (Сургут)		:	~	:	:
	Заря (Якутск)		:	:	~	:
	Сибирь (Новосибирск)		:	:	:	~

Группа 2

г. Екатеринбург

#	Клуб		1	2	3	4		И	В	Н	П	М	+/-	Очки
1	Синтур (Екатеринбург)		~	6:5	:	4:2		2	2	0	0	10 − 7	+3	6
2	СОКЛ-Тималь (Уфа)		4:6	~	4:3	11:2		3	2	0	1	19 − 11	+8	6
3	Прогресс (Глазов)		:	3:4	~	5:2		2	1	0	2	8 − 6	+2	3
4	Сибирь (Нефтеюганск)		2:4	2:11	2:5	~		3	0	0	3	6 − 20	-14	0

Группа 3

г. Волгоград

#	Клуб		1	2	3	4		И	В	Н	П	М	+/-	Очки
1	Саратов		~	:	:	:
	Каспий (Махачкала)		:	~	:	:
	Олимп (Волгоград)		:	:	~	:
	Олимп-2 (Волгоград)		:	:	:	~

Группа 4

г.Солнечногорск, 11-13 сентября 2006 года

#	Клуб		1	2	3	4		И	В	Н	П	М	+/-	Очки
1	Стаф-Альянс (Санкт-Петербург)		~	:	7:2	26:0
2	Норильский никель-2 (Норильск)		:	~	4:2	:
3	Золостспорт (Москва)		2:7	2:4	~	5:1		3	1	0	2	9 − 12	-3	3
4	Сенеж (Солнечногорск)		0:26	:	1:5	~

Второй этап (плей-офф)

	1/8 финала												Четвертьфиналы												Полуфиналы												Финал
	Липецк							6	2	0
	Спартак							8	6	6
													Спартак							3	0	0
													Спартак-Щ							4	5	6
	Синтур							3	3	0
	Спартак-Щ							8	7	6
																									Спартак-Щ							1	2	0
																									ВИЗ-Синара							9	4	6
	Мытищи							0	1	0
	Газпром-Ява							3	7	6
													ТТГ-Ява							2	2	2(03)
													ВИЗ-Синара							2	2	2(04)
	Саратов							0	1	0
	ВИЗ-Синара							3	8	6
																																					ВИЗ-Синара							7	4	3(15)
																																					Динамо							3	5	3(14)
	Политех							2	1	0
	ЦСКА							6	3	6
													ЦСКА							7	1	3(08)
													Нор.никель							3	2	3(07)
	Стаф-Альянс							3	-	1
	Нор.никель							3	+	4
																									ЦСКА							2	2	1
																									Динамо							2	2	4
	Тюмень							1	1	0
	Дина							3	3	6
													Дина							1	2	1
													Динамо							4	2	4
	Звезда-Истлэнд							2	0	0
	Динамо							5	5	6