Johnny Thomsen est un footballeur danois, né le à Fredericia au Danemark. Il évolue comme milieu défensif.
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En fin de contrat en juin 2011, il signe avec le un contrat de deux ans avec le FC Copenhague[1], effectif au 1er juillet.
Johnny Thomsen obtient sa première sélection le lors d'un match amical face à l'Allemagne conclu sur un résultat nul (2-2).