Il campionato italiano di calcio di Eccellenza regionale 1998-1999 è stato l'ottavo organizzato in Italia. Rappresenta il sesto livello del calcio italiano.

Eccellenza Molise 1998-1999
Competizione	Eccellenza Molise
Sport	Calcio
Edizione	7ª
Organizzatore	FIGC - LND Comitato Regionale Molise
Luogo	Italia
Partecipanti	16
Cronologia della competizione
1997-1998 1999-2000
Manuale

Questo è il campionato regionale della regione Molise.

Squadre partecipanti

Adriatica Petacciato

Atletico Trivento

Bojano

Bonefro

Frenter Larino

Montenero Calcio

Olympia Agnonese

Polesiana

Sancta Juxta Palata

San Giorgio Collathia

San Giuliano di Puglia

San Martino in Pensilis

Sesto Campano

Termoli

Turris Santa Croce

Venafro

Ubicazione delle squadre dell'Eccellenza Molise 1998-1999

Classifica finale

	Pos.	Squadra	Pt	G	V	N	P	GF	GS	DR
	1.	U.S. Bojano, Bojano	69	30	22	3	5	64	17	+47
	2.	U.S. Venafro, Venafro	67	30	21	4	5	53	24	+29
	3.	U.S. San Giorgio Collathia, Chieuti	65	30	19	8	3	61	18	+43
	4.	Pol. Adriatica Petacciato, Petacciato	58	30	16	10	4	58	27	+31
	5.	U.S. Termoli, Termoli	49	30	13	10	7	47	30	+17
	6.	A.S. Atletico Trivento, Trivento	48	30	14	6	10	36	23	+13
	7.	S.S. Frenter Larino, Larino	39	30	10	9	11	24	26	-2
	8.	Pol. Polesiana, Campobasso	38	30	9	11	10	25	26	-1
	9.	U.S. Turris Santa Croce, S.Croce di Magliano (*)	37	30	9	10	11	46	62	-16
	10.	Pol. Olimpia Agnonese, Agnone	34	30	8	10	12	26	30	-4
	11.	S.S.C. Sancta Juxta Palata, Palata	29	30	6	11	13	29	40	-11
	12.	S.S. Sesto Campano, Sesto Campano	29	30	8	5	17	27	51	-24
	13.	U.S. Montenero Calcio, Montenero di Bisaccia	28	30	7	7	16	23	45	-22
	14.	U.S. San Martino in Pensilis, S.Martino in Pensilis	24	30	5	9	16	21	44	-23
	15.	A.C. San Giuliano di Puglia, S.Giuliano di Puglia	22	30	5	7	18	23	64	-41
	16.	Pol. Bonefro, Bonefro	19	30	3	10	17	22	58	-36

(*) A fine stagione Turris Santa Croce rinuncia al campionato di Eccellenza 1999-2000. Si iscrive in Prima Categoria.

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